应在基地内建有机堆肥场，堆肥场容积应满足本基地蔬菜生产的需要。如有机蔬菜生产基地周边有畜禽养殖场，可在基地建立沼气池，将禽畜粪便转化为沼液、沼渣。

应使用主要源于本基地或有机农场(或畜场)的有机肥料，可使用充分腐熟和无害化处理的动植物的粪便和残体、植物沤制肥、绿肥、草木灰和饼肥等。经认证机构许可可以购入一部分农场外的肥料，外购的商品有机肥应通过有机认证或经认证机构评估许可。

有机肥料应在施用前2个月进行无害化处理，将肥料泼水拌湿、堆积、盖严塑料膜，使其充分发酵腐熟。发酵期堆内温度高达60℃以上，以有效地杀灭肥料中带有的病菌、虫卵、草种等。(本书所涉及所有蔬菜栽培的有机肥料准备工作与此相同，不再另行叙述。