“ 发酵”可分为“微生物生理学定义的发酵”和“工业发酵”，词条“发酵工程”中的“发酵” 应该是指“工业发酵”。工业生产是通过“工业发酵”来加工或制作产品，其对应的加工或制 作工艺被称为“发酵工艺”。为实现工业化生产，就必须解决发酵工艺的工业生产环境、设备 和过程控制的工程学问题，因此，就有了“发酵工程”。

 

      发酵工程是解决按发酵工艺进行工业化生产的工程学问题的学科。发酵工程从工程学 的角度把实现发酵工艺的发酵工业过程分为菌种、发酵和提炼(包括废水处理)等三个阶段， 这三个阶段都有各自的工程学问题，一般分别把它们称为发酵工程的上游、中游和下游 工程。