生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。生物有机肥执行标准NY 884-2004，生物有机肥中重金属含量、蛔虫卵死亡率和大肠杆菌值指标要求也应符合GB8172标准的要求。与精制有机肥相比，生物有机肥除了含有较高的有机质外，还含有具有特定功能的微生物，这是此类产品的本质特征，所含微生物应表现出一定的肥料效应，是经过特定工艺加入的微生物菌，每克生物有机肥产品中的有效活菌数必须不小于2000万个。生物有机肥具有增进土壤肥力、活化土壤中难溶的化合物供作物吸收利用，或可产生活性物质和抗、抑病物质，对农作物的生长有良好的刺激与调控作用，可减少或降低作物病虫害的发生，以及改善农产品品质等方面的作用。